Utilisation et applications de la bio-informatique
Code UE : BNF104
- Cours
- 6 crédits
- Volume horaire de référence
(+ ou - 10%) : 50 heures
Responsable(s)
Jean-Francois ZAGURY
Jean-Louis SPADONI
Public, conditions d’accès et prérequis
Biologistes ou Informaticiens.
Titulaires d'un BTS de Biochimie, Biotechnologie, Biologie, d'un DUT de Biologie appliquée ou de tout diplôme équivalent bac+2.
Titulaire d'un BTS ou d'une licence d'informatique ou diplôme de niveau équivalent. Dans ce cas, une connaissance préliminaire de la biologie/biochimie est recommandée, par exemple grâce à l'UE Biochimie Fondamentale #BCA001.
Titulaires d'un BTS de Biochimie, Biotechnologie, Biologie, d'un DUT de Biologie appliquée ou de tout diplôme équivalent bac+2.
Titulaire d'un BTS ou d'une licence d'informatique ou diplôme de niveau équivalent. Dans ce cas, une connaissance préliminaire de la biologie/biochimie est recommandée, par exemple grâce à l'UE Biochimie Fondamentale #BCA001.
L'avis des auditeurs
Les dernières réponses à l'enquête d'appréciation pour cet enseignement :
Présence et réussite aux examens
Pour l'année universitaire 2020-2021 :
- Nombre d'inscrits : 81
- Taux de présence à l'évaluation : 47%
- Taux de réussite à l'évaluation : 84%
Objectifs pédagogiques
Former des bio-informaticiens pour répondre à l'émergence des métiers nouveaux liés aux nouvelles biotechnologies.
Compétences visées
Connaissance et utilisation des banques de données et des logiciels existants sur le Web, qui permettent déjà de traiter de manière puissante les données biologiques générées par les nouvelles biotechnologies (bases de données, logiciels de traitement de séquence, outils de prédiction, logiciels statistiques).
Apprentissage des problématiques bio-informatiques liées à l'émergence des nouvelles biotechnologies.
Apprentissage des problématiques bio-informatiques liées à l'émergence des nouvelles biotechnologies.
Contenu
1) Rappels de base de biologie à usage pour la bio-informatique :
Les chaînes du vivant, ADN et Protéines.
La cellule : unité fonctionnelle du vivant.
Éléments de physiopathologie : inflammation, maladies infectieuses et cancers
2) Les grandes banques bio-informatiques :
Banques de données disponibles sur Internet :
séquences, polymorphismes, structure des protéines. Le système Entrez : du gène à la fonction.
3) Exploitation des banques de séquences et applications :
Les logiciels disponibles sur Internet :
criblage de banque, alignement de deux séquences, phylogénie. Principes algorithmiques et utilisation.
4) Modélisation moléculaire et applications :
Logiciels de référence (RasMol, Cn3D, VMD). Prédiction de structure, méthodes automatiques.
5) Problématiques Bio-informatiques liées aux nouvelles technologies :
Séquençage massif du génome (Next Generation Sequencing, NGS), puces de génotypage, puces de transcriptome, génomique sur cohorte et maladies, génétique d'association, initiation à l'utilisation des données NGS (Galaxy-JupyterHub).
Les chaînes du vivant, ADN et Protéines.
La cellule : unité fonctionnelle du vivant.
Éléments de physiopathologie : inflammation, maladies infectieuses et cancers
2) Les grandes banques bio-informatiques :
Banques de données disponibles sur Internet :
séquences, polymorphismes, structure des protéines. Le système Entrez : du gène à la fonction.
3) Exploitation des banques de séquences et applications :
Les logiciels disponibles sur Internet :
criblage de banque, alignement de deux séquences, phylogénie. Principes algorithmiques et utilisation.
4) Modélisation moléculaire et applications :
Logiciels de référence (RasMol, Cn3D, VMD). Prédiction de structure, méthodes automatiques.
5) Problématiques Bio-informatiques liées aux nouvelles technologies :
Séquençage massif du génome (Next Generation Sequencing, NGS), puces de génotypage, puces de transcriptome, génomique sur cohorte et maladies, génétique d'association, initiation à l'utilisation des données NGS (Galaxy-JupyterHub).
Modalité d'évaluation
Examen final sur ordinateur
Bibliographie
- AD Baxevanis et al. : Bioinformatics, Wiley Interscience. New-York
- Denis Tagu et Jean-Loup Risler : Bio-informatique. Principes d'utilisation des outils. Edition Quae
- Deléage Gilbert et Gouy Manolo : Bioinformatique - 2e édition: Cours et applications
Cette UE apparaît dans les diplômes et certificats suivants
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Intitulé de la formation |
Type |
Modalité(s) |
Lieu(x) |
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Intitulé de la formation
Certificat de compétence Bio-informatique
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Lieu(x)
À la carte
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Lieu(x)
Paris
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Intitulé de la formation
Diplôme d'ingénieur Génie biologique
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Type
Diplôme d'ingénieur
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Lieu(x)
À la carte
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Lieu(x)
Paris
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Lieu(x)
À la carte
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Lieu(x)
Paris
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Lieu(x)
Alternance
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Lieu(x)
Ile-de-France (sans Paris)
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Intitulé de la formation
Licence informatique
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Lieu(x)
À la carte
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Intitulé de la formation
Licence informatique
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Lieu(x)
Alternance
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Intitulé de la formation
Licence informatique
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Lieu(x)
Package
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Lieu(x)
Martinique
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Lieu(x)
À la carte
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Lieu(x)
Paris
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Intitulé de la formation
Certificat de compétence Bioanalyse
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Lieu(x)
À la carte
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Lieu(x)
Paris
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Intitulé de la formation
Licence professionnelle de bio-informatique
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Lieu(x)
À la carte
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Lieu(x)
Paris
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| Intitulé de la formation | Type | Modalité(s) | Lieu(x) |
Contact
Voir le calendrier, le tarif, les conditions d'accessibilité et les modalités d'inscription dans le(s) centre(s) d'enseignement qui propose(nt) cette formation.
UE
-
-
Paris
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Centre Cnam Paris
- 2023-2024 1er semestre : Présentiel soir ou samedi
- 2023-2024 2nd semestre : FOAD hybride soir ou samedi
-
Centre Cnam Paris
-
Paris
Code UE : BNF104
- Cours
- 6 crédits
- Volume horaire de référence
(+ ou - 10%) : 50 heures
Responsable(s)
Jean-Francois ZAGURY
Jean-Louis SPADONI