Utilisation et applications de la bio-informatique

Code UE : BNF104

  • Cours
  • 6 crédits

Responsable national

Jean-Francois ZAGURY

Responsable opérationnel

Jean-Louis SPADONI

Public et conditions d'accès

Biologistes ou Informaticiens.
Titulaires d'un BTS de Biochimie, Biotechnologie, Biologie ou d'un DUT de Biologie appliquée (ou diplômes équivalents bac+2).
Titulaire d'un BTS ou d'une licence d'informatique ou diplôme de niveau équivalent. Dans ce cas, une connaissance préliminaire de la biologie/biochimie est recommandée, par exemple grâce à l'UE Biochimie Fondamentale #BCA001.

Objectifs pédagogiques

Former des bio-informaticiens pour répondre à l'émergence des métiers nouveaux liés aux nouvelles biotechnologies.

Compétences visées

Apprentissage des problématiques bio-informatiques liées à l'émergence des nouvelles biotechnologies. Connaissance et utilisation des banques de données et des logiciels existants sur le Web, qui permettent déjà de traiter de manière puissante les données biologiques générées par les nouvelles biotechnologies (bases de données, logiciels de traitement de séquence, outils de prédiction, logiciels statistiques).

Contenu

1) Rappels de base de biologie à usage pour la bio-informatique :
Les chaînes du vivant, ADN et Protéines.
La cellule : unité fonctionnelle du vivant.
Éléments de physiopathologie : inflammation, maladies infectieuses et cancers
2) Les grandes banques bio-informatiques :
Banques de données disponibles sur Internet :
séquences, polymorphismes, structure des protéines. Le système Entrez : du gène à la fonction.
3) Exploitation des banques de séquences et applications :
Les logiciels disponibles sur Internet :
criblage de banque, alignement de deux séquences, phylogénie. Principes algorithmiques et utilisation.
4) Modélisation moléculaire et applications :
Logiciels de référence (RasMol, Cn3D, VMD). Prédiction de structure, méthodes automatiques.
5) Problématiques Bio-informatiques liées aux nouvelles technologies :
Séquençage du génome  (Next Generation Sequencing, NGS), puces de génotypage, puces de transcriptome, génomique sur cohorte et maladies, systèmes double-hybrides, gels bi-dimensionnels, systèmes protéines pull-downs, spectrométrie de masse

Modalité d'évaluation

Examen final

Bibliographie

  • AD Baxevanis et al. : Bioinformatics, Wiley Interscience. New-York
  • Denis Tagu et Jean-Loup Risler : Bio-informatique. Principes d'utilisation des outils. Edition Quae

Cette UE apparaît dans les diplômes et certificats suivants

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Equipe pédagogique
Modalité(s) / Lieu(x)
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Modalité(s) / Lieu(x)
  • Enseignée en formation présentielle ou partiellement à distance : Paris
  • Modalité(s) / Lieu(x)
  • Enseignée en formation présentielle ou partiellement à distance : Bretagne, Paris
  • Modalité(s) / Lieu(x)
  • Enseignée en formation présentielle ou partiellement à distance : Paris
  • Modalité(s) / Lieu(x)
  • Enseignée en formation présentielle ou partiellement à distance : Bretagne, Paris
  • Modalité(s) / Lieu(x)
  • Enseignée en formation présentielle ou partiellement à distance : Bretagne, Normandie, Paris
  • Equipe pédagogique Informatique
    Type Intitulé Equipe pédagogique Modalité(s) / Lieu(x) Code

    Contact

    Bioinformatique
    17.0.16, 292 rue St Martin
    75003 Paris
    Isabelle Corbeau

    Voir les dates et horaires, les lieux d'enseignement et les modes d'inscription sur les sites internet des centres régionaux qui proposent cette formation

    UE

      • Paris
        • Paris
          • 2017-2018 1er semestre : Présentiel
          • 2017-2018 2nd semestre : Formation hybride
          • 2018-2019 1er semestre : Présentiel
          • 2018-2019 2nd semestre : Formation hybride
          • 2019-2020 1er semestre : Présentiel
          • 2019-2020 2nd semestre : Formation hybride