L'Ecole Pasteur/Cnam est bâtie autour de quatre départements - Biostatistique et bioinformatique ; Risque infectieux ; Risques, environnement, travail et maladies chroniques ; Conception et gestion des politiques de santé - à la tête desquels se trouvent respectivement : Gilbert Saporta, Arnaud Fontanet, William Dab, Jean de Kervasdoué.